Setiap kasus yang dirujuk ke CRU ditelaah untuk menilai kesesuaian kasus untuk dimediasi. Untuk itu CRU telah mengembangkan sistem penelusuran/pelacakan proses penyelesaian konflik. Sistem penelusuran/pelacakan kasus membantu proses pengambilan keputusan maupun penilaian yang lebih efisien dan efektif terutama untuk memastikan komitmen para pihak untuk menyelesaikan konflik. Alur pengambilan keputusan dalam proses pengelolaan konflik yang diusung CRU, tergambar dalam bagan di bawah ini.

CRU memfasilitasi proses mediasi berdasarkan persetujuan para pihak yang berkonflik. Karena setiap konflik berbeda, baik para pihaknya, pokok-pokok konfliknya, maupun konteksnya, tidak ada cara penyelesaian konflik yang baku, tetapi secara umum proses mediasi mencakup beberapa hal sebagai berikut: (1) Pengkajian awal untuk menentukan apakah konflik tersebut dapat dimediasi, (2) Kajian menyeluruh terhadap konflik, termasuk memperoleh persetujuan para pihak yang berkonflik; (3) Pemilihan mediator dan persiapan masing-masing pihak; (4) Pertemuan perundingan; (5) Perencanaan pelaksanaan kesepakatan, dan akhirnya (6) Pelaksanaan kesepakatan yang sudah direncanakan dan pemantauan bersama.